روش‌هاى جابر در مثلثات مسطحه ، بطلميوسى است ، امّا بر خلاف بطلميوس - كه فقط در موارد ضرورى روش‌هاى رياضى را به كار مىبرد - جابر اين روش‌ها را از لحاظ رياضى اثبات مىكرد . علاوه بر بحث‌هاى مثلثاتى ، مهم‌ترين تفاوت ميان مجسطى و اصلاح المجسطى جابر ، بحث موقعيت سيارات سفلى ( عطارد و زهره ) است . بطلميوس اين سيارات را زير فلك خورشيد ( ميان ماه و خورشيد ) در نظر گرفته است . بدين‌منظور بطلميوس مىبايست مشاهده نشدن عبور اين سيارات از مقابل خورشيد را توجيه مىكرد . بطلميوس قرارگيرى اين سيارات را بر خط ميان ناظر زمينى و خورشيد ، امرى محال مىدانست . جابر در مقالهء هفتم كتابش به اين موضوع پرداخته و بحث بطلميوس را نامعتبر دانسته و اين دو سياره را در فلك‌هاى بالاتر ( دور تر ) از خورشيد قرار داده است . در اندلس ، جابر نخستين فردى بود كه از دستگاه بطلميوسى حركت عطارد كاملا انتقاد كرد . اثر مهم ديگر در اين زمينه كتاب الشكوك على بطلميوس از ابن هيثم بود كه از اواخر قرن پنجم / يازدهم در اندلس فراگير شد . امروزه مشخص شده كه جابر بن افلح در تأليف كتابش از ابن هيثم تأثير نگرفته است . به عقيدهء جابر ، مبانى رياضى مجسطى بايد اصلاح مىشد . اصلاح المجسطى به‌وضوح اثرى نظرى است ، بيان مطالب هيچ‌گاه شامل مثال‌هاى عددى و جدول نيست و در آن جابر مهارت فوق‌العادهء خود را در رياضيات نشان داده ، امّا ازسوىديگر از نوشته‌هايش چنين برمىآيد كه وى اصلا منجمى رصدگر نبوده است . جابر از روش بطلميوس در گزينش رصدهايش انتقاد كرده امّا خود رصدهاى جديدى عرضه نكرده است . در مقالهء پنجم اصلاح المجسطى ، جابر ابزارى رصدى را شرح داده كه به