« آيت‌اللّه قمى » مىشوند . در اين ميان شخصى بنام « بهلول » با سخنرانيهاى مهيّج و محرك خود باعث طغيان و شورش مردم مىگردد . اين هيجانات عمومى سرانجام بدانجا مىانجامد كه در نيمه‌شب شنبه 21 تيرماه 1314 عمّال نظامى « رضا خان » به مسجد ريخته و مردم متحصن در مسجد را به گلوله مىبندند و تعداد بسيارى از مردم بىدفاع كشته و زخمى شدند . بلافاصله ، روز بعد ( يكشنبه 22 تيرماه 1314 ) بازداشت روحانيون و مردم از طرف مقامات انتظامى شهر آغاز مىگردد . آيت‌اللّه محمد آقازاده نيز در يكشنبه 22 تيرماه توسط « سرهنگ نوايى » و « پاكروان » بازداشت و به يزد تبعيد مىگردد . پس از چهار ماه مجددا به مشهد برگردانده شده و بعد از چند روزى حبس در زندان مشهد ، به تهران انتقال مىيابد . ايشان در محاكمات ابتدايى تهران به اعدام محكوم مىشوند ، لكن بخاطر نفوذى كه در حوزه علميه نجف داشت و نيز تلاش كسانى چون مرحوم « حاج ميرزا مهدى » و غيره در نجف ، و تلگراف به شاه ، اين حكم لغو شد . در محاكمهء مجدد كه در ديوان اركان حرب ( دادگاه نظامى ) 4 به عمل آمد ايشان را به اقامت اجبارى در تهران محكوم مىكنند . آيت‌اللّه آقازاده در منزلى در خيابان رى تهران تحت مراقبت دايم « حسن خان » و « موسى خان » دو تن از پرسنل نظميه قرار گرفته و ممنوع‌الملاقات مىشود . تنها كسانى كه اجازه ملاقات با ايشان را داشتند عبارت بودند از : 1 - « آقاى مجتهدى » ، داماد ايشان . 2 - « ميرزا ابو الحسن » ، پسر « شريف العلماء » . 3 - برادر ايشان ، « آقاى حسن كفايى » . 4 - « شاهزاده افسر » ، كه دخترش عروس ايشان بود . آيت‌اللّه آقازاده در تهران همچنان تحت الحفظ بودند تا اينكه در 13 ذيقعده 1356 ( 1316 خ ) ، دو سال پس از واقعهء خونين گوهرشاد ، بدنبال يك بيمارى ، در اثر تزريق نوعى آمپول مشكوك به ايشان توسط پزشكى مجهول الهويه ( بعدها همسر ايشان با ديدن عكس « پزشك احمدى » جانى در روزنامه‌هاى تهران ، اظهار داشته‌اند كه پزشك مزبور همان پزشك احمدى بوده ) چشم از جهان فروبست . پيكر ايشان در حرم حضرت عبد العظيم ، در مقبره ناصر الدين شاه به خاك سپرده شد ، و اولين مراسم سوگوارىاش پس از شهريور 1320 در مسجد گوهرشاد مشهد برگزار گرديد . ايشان تأليفاتى نيز از قبيل « القضاء و الشهادة » و مبحث « الفاظ » دارند . همچنين بر كتاب « كفايه الاصول » مرحوم « آخوند ملا محمد كاظم خراسانى » ، پدرشان ، حاشيه‌اى نگاشته‌اند .