در زمان ضعف سلجوقيان بزرگ ، اتابك آذربايجان ( از اولاد ايلدگز ) و احمديليان در آذربايجان حكومت مىكردند و هركدام براى قانونى شمردن حكومت خود از نام پادشاهان ضعيف سلجوقى بهره مىجستند . با حملهء مغول به ايران آذربايجان در فاصله‌اى كه به حكومت ايلخان در آذربايجان انجاميد ، مخصوصا براثر تاخت‌وتاز جلال الدّين خوارزمشاه ، صدمات فراوان ديد كه شرح آن در سيرة جلال الدّين منكبرتى و نفثة المصدور زيدرى آمده است . دوران حكومت ايلخانان مغول در ايران كه آذربايجان را مركز حكومت خود قرار داده بودند و شهر تبريز پايتخت امپراتورى وسيع ايشان شده بود ، عصر شكوفايى و آبادى آذربايجان است و ثروت متصرفات ايلخانى همه به آذربايجان و تبريز سرازير مىشد و موجب ايجاد آباديها ، بناها ، كاخها و مساجد مىگرديد . مخصوصا حكومت غازان و وزارت خواجه رشيد الدّين فضل الله همدانى شهر تبريز را بسيار آباد و ثروتمند ساخت . اما در قرن 8 ق / 14 م كه دوران تجزيهء حكومت ايلخانان مغول است آذربايجان از دست حكام محلى چوپانى و جلايرى و ديگران آسيب فراوان ديد و يك‌بار شهر تبريز به دست توقتمش خان كه خان بزرگ « اردوى زرين » بود ، به كلى ويران گرديد آذربايجان در هنگام اقتدار تيمور در اواخر قرن 8 ق و اوايل قرن 9 ق / 14 و 15 م به دست اين فرمانرواى مقتدر افتاد و پس از مرگ او باز صحنهء تاخت‌وتاز گرديد ، تا آنكه ابتداء امراى قراقويونلو و پس از ايشان امراى آق‌قويونلو در آذربايجان روى كار آمدند . در زمان اين دو خاندان تركمان و مخصوصا آق‌قويونلوها ( اوزون حسن ، سلطان خليل و سلطان يعقوب ) آذربايجان از آسايش و رفاه نسبى بهره‌مند بود تا آنكه در اوايل قرن 10 ق / 16 م شاه اسماعيل صفوى با كمك قبايل تركمان كه در آناطولى و آذربايجان سكونت داشتند و با جاذبهء رهبرى معنوى خويش ابتدا بر آذربايجان و بعد بر سرتاسر ايران مسلط گرديد . و دولتى با بنيادهاى فرهنگى ايرانى خاص در درون فرهنگ اسلامى بنا نهاد . آذربايجان در قرن 10 ق / 16 ، عرصهء جنگها ميان دولتهاى صفويه و عثمانى بود . علىرغم لشكركشيهاى پىدرپى سلاطين عثمانى و اقامت ممتد آنها در تبريز ، در اواخر قرن 10 ق و اوايل قرن 11 ق / 16 ، 17 م نتوانستند بر آذربايجان مسلّط شوند حسن سياست شاه‌طهماسب و شاه‌عباس اول و مهم‌تر از آن رسوخ مذهب تشيع در آذربايجان سبب شد