ذخايرى از تأليف داشت كه به تعدادى از آنها اشاره مىشود : قوانين اصول ؛ شرح لمعه ؛ حواشى بر شرح كبير ؛ تكملهء رسالة الكر للبهائي ؛ حواشى بر تقويم المحسنين ؛ شرح ، تحرير محقق طوسى لكتاب اوطولوقس فى الكرة المتحركة ؛ شرح صفحة الاصطرلاب للبهائى ؛ حواشى امل الآمل بحث قبله ؛ رسالهء كشف الضمائر و غيره . ميرزا محمد حسن شيرازى و بزرگان ديگر به او احترام مىگذاشتند . مولانا سيد مرتضى مقدس بعد از اينكه مدتى در عراق سكونت داشت بيمار شد و مردم او را از نجف به كربلا و بغداد آوردند . هرجا معالجه‌اش كردند سودى نبخشيد . به هنگامى كه از بغداد برمىگشت شهادتين و اسامى ائمهء معصومين بر زبانش بود و در همان حال درگذشت . تاريخ وفاتش 14 شوال 1323 ه ق است . در كربلا در نزديكى در زينبيه در حجره‌اى مدفون شد . كرامات و وقايع ؛ سوانح حيات سيد مرتضى كشميرى نجفى به چاپ رسيده است ، تكملهء نجوم السما و تذكرهء بىبها وقايع حيرت‌انگيزى دربارهء او نقل كرده كه نشان‌دهندهء كيفيت و احوال روحانى او مىباشد . نواب فتح عليخان همراه با عم محترم خود نواب نوازش عليخان از لاهور به كربلا رفت و هنگام بازگشت نزد سيد مرتضى رفت و اجازهء مرخصى خواست . مولانا مانع سفرش شد اما به اصرار نواب گفت : شما حرف مرا قبول نمىكنيد ، اختيار با شماست اما امرى عظيم در ميان است ، خوب ، بسم اللّه برويد . نواب به كاظمين رسيده بود كه حال نواب نوازش عليخان وخيم گشت . نواب فتح على حيران شده بود ، به‌هرحال به كربلا بازگشت اما در تجهيز و تكفين نتوانست شركت كند . سيد محمد نصيرآبادى بيان مىكند كه در كربلا نواب مولوى مير اصغر حسين سخت بيمار شده است . من از بيمارى نواب ناراحت بودم و از باغ خارج شدم . صدايى آمد كه سيد محمد كجا مىروى ؟ من گفتم پيش نواب مىروم ، چرا كه او بيمار است و به‌هيچ‌وجه درمان نشده است . او گفت چرا در نزد مرتضى شاه نمىروى و از او التماس دعا نمىكنى ؟ وى در همين ساختمان است . من وارد ساختمان شدم . مرتضى شاه در جايگاه نماز نشسته مشغول تعقيبات بود . به او سلام كردم ، پاسخ داد و تبسّمى كرد . به وى گفتم : براى سلامت نواب مولوى سيد اصغر حسين دعا كنيد . در همان وقت از خواب بيدار شدم ، اذان صبح مىگفتند ، وضو گرفتم و نماز صبح را خواندم . بعد از نماز به منزل نواب رفتم و ديدم كه علامه سيد مرتضى كشميرى در آنجاست . بسيار خوشحال شدم . من خواب خود را براى او بيان كردم . اشك در چشمش جارى شد و گفت :