تعيين شد ، پادشاه به او خلعت داد و لقب ممتاز العلماء مرحمت فرمود ، معادل دويست روپيه حقوق ماهانه‌اش بود ، اين مدرسه سى نفر استاد و دويست نفر طلاب علم داشت ، ولى در سال 1857 م تعطيل شد و پس از مدتى مجددا آقا ابو آن مدرسه را بازگشايى كرد و وى كه داماد مولانا محمد تقى بود ، مدير آن مدرسه شد . ممتاز العلماء فخر المدرسين در تدريس و خطابت شهرتى بسيار به دست آورد . بعد از فوت پدرش در سال 1273 ه ق تمام امور را در دست گرفت . سلطان العلماء به او اعتماد داشت و فرائض جمعه و جماعت را به او واگذار كرد . وى مسجد و حسينيه‌اى عظيم تأسيس كرد ، و براى طلاب خوابگاه و كتابخانه‌اى عالى ساخت كه هنوز هم باقى است . وى نماز جمعه را در مسجد محمّد على شاه و نمازهاى پنجگانه را در مسجد تحسين عليخان برگزار مىكرد . بزرگان و علماى شهر به او بسيار احترام مىگذاشتند ، مرجعيت تمام كشور در دست وى بود . فتواهاى وى در اخبار الاخيار مرتب چاپ مىشد ، تعداد زيادى از مردم از وى تقليد مىكردند . انگليسيها هم به او احترام مىگذاشتند و در دربار صندلى مخصوصى داشت . مولانا به خطابه و فقه و تفسير علاقهء شديد داشت و تا آخرين روزهاى زندگى خود مشغول نوشتن « ينابيع الانوار ، تفسير قرآن مجيد » بود و تا 23 رمضان 1289 ه ق كار تفسير را ادامه داد ، سرانجام در شب قدر ، در ساعتى سعيد درگذشت و در حسينيه‌اى كه خود ساخته بود به خاك سپرده شد . مادّهء تاريخ فوت او را « افتاد ستون كعبهء فقه » نوشته‌اند . پس از او ، فرزندش ، مولانا سيد محمد ابراهيم جانشين وى شد . شاگردان او عبارتند از : سيد ابو الحسن معروف به ابو ؛ خواجه عابد حسين سهارن‌پورى ؛ سيد غلام محمد ، ريوارى ( درگذشته به سال 1300 ه ق ) ؛ خواجه ابراهيم حسين پانىپتى ؛ سيد عمار على مفسر سونىپتى ؛ غلام حسنين كنتورى ؛ على ميان كامل ؛ سيد محمد حسين فيض‌آبادى ؛ سيد حسن ؛ نواب على جاه ؛ پتر بر على ؛ نواب والاجاه ؛ منيب خان رامپورى ؛ كرامت حسين كنتورى ؛ سيد على اكبر بن سلطان العلماء . تصانيف او عبارتند از : ارشاد المؤمنين ( ارشاد المبتدين « صلاة و طهارت ، عربى » ) ؛ مرشد المؤمنين ؛ عباب فى علم الاعراب ( نحو ) ؛ شرح مقدمات حدايق ؛ رسالهء امامت ؛ نخبة الدعوات ؛ حديقة الواعظين ؛ لمعة الواعظين ؛ رسالهء استدلالى امامت جماعت ؛ آداب و فضيلت دعا ؛ شرح تبصرهء علامه ؛ غنية السائلين ؛ جواب مسأله لدنيّة ؛ ينابيع الابرار ، تفسير ؛ هداية المسترشدين ؛ نزهة الواعظين ( دو جلد ) .