در اين اوقات بحرين در دست خوارج بود و قشون ايران با جملهء از اعراب بجهة استخلاص بحرين آمده بودند ولى خوارج به علت كثرت جمعيت بر ايرانيان فائق آمده و آنان را كشته و شهر را آتش زدند . از جمله خانهء شيخ احمد در اين گيرودار بسوخت چون اين خبر بشيخ احمد رسيد از كثرت غصه مريض شد و دو ماه بسترى بود تا وفات يافت و در حين وفات شيخ يوسف را در برگرفته و برادرانش را كه اغلب كودك و بيمار و از مادر با او جدا بودند سپرده و سفارش نمود كه بر سر سفره ننشينى كه برادرانت با تو در اطراف آن نباشند . بنابراين شيخ يوسف بعد از وفات پدر دچار سنگينى معيشت شده و مدت دو سال با اين وضع در قطيف بر شيخ حسن ماحوزى قرائت مىكرد و در ضمن براى جمع‌آورى محصولات نخيلات موروثى به بحرين آمد و شد مىكرد ولى بعد از استخلاص بحرين از يد خوارج به بحرين بازگشته و در آنجا مدت پنج تا شش سال مشغول تحصيل بود و در اين مدت سفرى به مكه و مدينه و قطيف نموده لكن به علت كثرت قرض و عائله بايران مهاجرت كرده و مدتى در كرمان مقيم شده و سپس بشيراز رفته و بوسيله ميرزا محمد - تقى خان حاكم آنجا گشايشى در وضعش پديدار آمده با فراغت بال بتدريس و اقامهء جماعت و تأليف پرداخت و در آنجا ديرى نپائيد كه به علت حوادث و فتن ايام روى ببلدهء فسا آورده و در آنجا متوطن گشته و تجديد عيال نمود و علاوه از مطالعه و تأليف براى امر معاش در شهر فسا بزراعت پرداخت و ميرزا محمد على حاكم آنجا به او عنايت كرده