ولما توفى السيد أبو الحسن في ( 1365 ) رشح للزعامة العامة وزادت وجاهته وعظم شأنه ومال الناس اليه في إيران والعراق وغيرهما ، الا ان الاجل لم يمهله حيث مرض وحمل إلى بغداد فتوفى بها في المستشفى يوم الأربعاء 14 ربيع الأول ( 1366 ) ونقل إلى النجف بتشييع مهيب ودفن في الصحن الشريف في مقبرة استاذنا شيخ الشريعة الاصفهاني عصر الجمعة ( 15 - ع 1 ) وعطلت من أجله الدروس وأغلقت أسواق البلدة وأقيمت عشرات الفواتح وألقيت فيها القصائد والكلمات ونشرت الصحف والمجلات ذلك واذاعت نبأ وفاته أكثر المحطات ، وأقيمت له حفلة أربعينية حضرها العلماء والعظماء والزعماء وأرخ وفاته السيد محمد حسن آل الطالقاني بقوله : هذي شريعة الهدى يوم النوى * قد أصبحت وقد علا انتحابها تندب حاميها وتنعاه وذي * مقلتها العبرا همى انسكابها مضى الحسين للنعيم ارخوا * ( بجنة تفتحت أبوابها ) وله تسع رسائل عملية فتوائية وهي ( 1 ) مجمع المسائل ( 2 ) الذخيرة الباقية في العبادات والمعاملات ( 3 ) مختصر الاحكام ( 4 ) طريق النجاة ( 5 ) منتخب الاحكام ( 6 ) مناسك الحج ( 7 ) ذخيرة العباد ( 8 ) هداية الأنام ( 9 ) مناسك الحج فارسي . كل هذه الرسائل مطبوعة وبعضها عربي والآخر فارسي وله حاشية على ( العروة الوثقى ) وله حواشي على رسائل المولى هاشم الخراساني - صاحب ( منتخب التواريخ ) - العملية الخمس وهي ( 1 ) مجمع المسائل ( 2 ) الرسالة الرضاعية ( 3 ) الرسالة الارثية ( 4 ) صحة المعاملات ( 5 ) الرسالة الربائية وغير ذلك أيضا ، وقد خلف عدة ذكور أكثرهم من أهل العلم والفضل وأجلهم السيد آغا حسن وهو اليوم من علماء مشهد الرضا عليه السلام المدرسين . وولده السيد آغا مهدي من العلماء وأئمة الجماعة في كربلا .