آثاره غير المطبوعة له غير ما ذكرته ، رسالات وكتب صغيرة وكبيرة في علوم مختلفة ، وتلخيصات من كتب الآخرين ، ذكرت بعضها في ترجمة أحواله في مقدمة الجزء الأول ثم الجزء العشرين من الذريعة ، وسيجمع كتاب « ذكرى الشيخ » عددا أكبر من ذلك إذا تهيأت أسباب طبعها . فكان يخاطبني : [ بابا جون علي نقي ! ! إذا ما شئت أن تعلم ما في كتاب ففهرسه ! وإذا أردت أن تستفيد منه فلخّصه ! أو شجّره ! ] وكانت الكتب تطبع إذ ذاك بدون فهارس . ففهرست له أو معه عدّة كتب ك « ابن النديم » و « المآثر والآثار » و « الروضات » قبل أن يفهرسها ألفت و « هدية العارفين » و « تذكرة النصرآبادي » وكثيرا من تذاكر شعراء الفرس ، فهرسها بأمره في طهران لاخراج الجزء التاسع في الشعر والشعراء من الذريعة ، فنشرت في أربعة مجلدات ، وفهرسة مجدوع في تأريخ الأدب الإسماعيلي . وقد نشرته أيضا بطهران . وأذكر مما فهرسه هو بنفسه « نسمة السحر في من تشيّع وشعر » . وقد لخّص هو بنفسه عدة كتب كان يستفيد منها مثل : « مطلع البدور » و « رياض الفكر » و « زاد السالكين » وشجّر « حديقة النسب » وسمّى كل منها باسم خاص على عادته . ذكرت الأسماء في ترجمة أحواله ولا أكررها هنا .