ومن مصنفاته في أصول الدين وأسرار الشريعة وغيرها : « حجة اللّه البالغة » في علم أسرار الشريعة ، ولم يتكلم في هذا العلم أحد قبله على هذا الوجه من تأصيل الأصول وتفريع الفروع وتمهيد المقدمات والمبادئ واستنتاج المقاصد . ومنها « إزالة الخفاء عن خلافة الخلفاء » كتاب عديم النظير في بابه ، لم يؤلف مثله قبله ولا بعده يدل على أن صاحبه لبحر زخار لا يرى له ساحل . ومنها « قرة العينين في تفضيل الشيخين » بالفارسي . ومنها « حسن العقيدة » رسالة مختصرة له في العقائد بالعربية . ومنها « الإنصاف » في بيان أسباب الاختلاف بين الفقهاء والمجتهدين . ومنها « عقد الجيد في أحكام الاجتهاد والتقليد » . ومنها « البدور البازغة » في الكلام . ومنها « المقدمة السنية في انتصار الفرقة السنية » ، ومن مصنفاته في الحقائق والمعارف والسلوك وغيرها : المكتوب المدني المرسل إلى إسماعيل بن عبد اللّه الرومي في حقائق التوحيد . ومنها « ألطاف القدس في لطائف النفس » . ومنها « القول الجميل في بيان سواء السبيل » في سلوك الطرق الثلاثة المشهورة القادرية والچشتية والنقشبندية . ومنها « الانتباه في سلاسل أولياء اللّه » كتاب مبسوط في شرح السلاسل المشهورة والغير المشهورة . ومنها « الهمعات » رسالة نفيسة بالفارسية يحق أن تكتب بمداد النور على خدود الحور وهي في بيان النسبة إلى اللّه . ومنها « اللمحات » . ومنها « السطعات » في بعض ما أفاض اللّه على قلبه .