چون انكار و تشنيع ايشان به گوش ملا خليل رسيد روانهء اصفهان شد كه با ايشان در اين باب مجادله نمايد . پس وارد مدرسه‌اى شد كه آقا حسين در آنجا تدريس مىكرد ، و آقا حسين اندرون خانه بود و ملا ميرزا محمد بن حسن شيروانى در مدرسه بود و در نزد آقا حسين درس مىخواند . اتفاق افتاد كه ملا خليل به حجرهء ملا ميرزا وارد شد . وى از كيفيت احوال او استفسار نمود . در جواب گفت كه من ملا خليل قزوينى مىباشم و شنيدم كه آقا حسين در اين دو مسئلهء معروفه بر من تشنيع و انكار نموده ، آمدم تا با او مناظره كنم . ملا ميرزا گفت كه شما بگوئيد كه چرا در شكل اول صغرى و كبرى مستلزم نتيجه نيستند ؟ ملا خليل گفت : براى اينكه دور لازم مىآيد و دور باطل است ، پس شكل اول باطل خواهد بود . ملا ميرزا گفت كه همين دليل شما شكل اول است و مشتمل است بر صغرى و كبرى و نتيجه ، و شما صغرى و كبرى را مستلزم نتيجه نمىدانيد ، پس دليل شما بنا بر مذهب شما فاسد است . پس ملا خليل صبر نكرد تا آقا حسين بيرون آيد بلكه بلافاصله برخاست و بر درازگوش خود سوار شد و به قزوين مراجعت كرد » . انتهى كلامه . بالجمله بعض كلامهاى ملا خليل موصوف چون از جادهء قبول و اعتدال بيرونند به جهت آن مورد ايراد و اعتراض گرديده چنانچه مولانا شمس الدّين محمد شيرازى كه از جملهء معاصرين او است در بعض رسائل خود مىفرمايد : « قدم الى مكّة - زادها اللّه شرفا و تعظيما - المولى الفاضل ملا خليل القزوينى حاجّا ، و زارنى فى بيتى و ذكر لى أنّى كتبت حاشية على عدّة الشيخ - عليه الرحمة و الغفران - أرسلها اليك لتطالع فيها ، فلما كنت فى جناح السفر الى الحجاز - صانها الله عن الاعواز - طالعتها فى الطريق فوجدت فيها أشياء كثيرة نسبها الى أصحابنا الامامية - عليهم المغفرة و الرضوان - و هم برآء منها و صرّحوا بنفيها فى تصانيفهم لموافقتها الأصول الأشعرية ، كنسبة القبائح و المعاصى الى الله تعالى ، فلما قدم الى الحجاز ذكرت له ما علمت له من تصنيفه من مخالفة كلامه لكلام الأصحاب ، فأجاب بأنّ أصولى مخالف لأصول ابن بابويه و جميع أصحابكم الّا الرواة ، و زعم أنّ علمائنا حتى الشيخ المفيد و السيد المرتضى و الشيخ الطوسى و سلطان المحققين ، نصير الملّة و الدّين - قدّس الله أرواحهم - أخذوا أصول دينهم من المعتزلة و سلكوا منزلة مسلكهم ، و ليس لهم دليل من الكتاب و السنّة ، و سمّى المعتزلة و أصحابنا القدرية و سمى الأشاعرة الجبرية ، و سمى الرواة الذين نسبوا معاصى العباد الى الله تعالى و نفسه الشريفة هل الأمر بين الأمرين و اخترع و ابتدع فى كل مسئلة من المشيّة و الارادة و القضاء و القدر و غيرها معنى غير ما قاله أصحابنا الامامية الذين أخذوا معالم دينهم عن الأئمة المعصومين ، و دوّنوها فى التفاسير و كتبهم الكلامية ، و نسب ما خطر بباله من غير دليل الى الأئمة - عليهم السلام . فقلت له ما ظفرت الى الآن بشىء من كلام أصحابنا مما تنسب اليهم ، ففى أىّ كتاب ذكروا ما نسبت اليهم . فقال : المراد بأصحابنا رواة الأحاديث . ثم قال لى : فقد ذكرنا مفصّلا فى حاشية عدّتنا و استدللنا بالأحاديث الواردة عن الأئمة نرسلها اليك ، فطالع فيها به عين الانصاف . فطالعت فيها