خليفه سلطان ، آثارى دارد از جمله ، حاشيهء شرح مختصر عضدى و متعلقات آن ، خليفه سلطان حاشيه خود را از مسئله چهارم ، از مسائل چهارگانه‌اى كه دائر در بحث واجب از مبادى احكام بوده است شروع كرده ، و نزديك به همان موضعى است كه حاشيه سيد شريف جرجانى به اتمام رسيده است ، و تا بحث عموم و خصوص و يا پس از آن ادامه يافت ، و نسخه‌اى از آنكه از بهترين حواشى و نافع‌تر و دقيق‌تر آن‌ها است ، در نزد ما موجود مىباشد . و از آثار ديگر او توضيح الاخلاق است ، اين كتاب كه به فارسى تدوين شده است ، خلاصه‌اى از كتاب اخلاق ناصرى خواجه نصير الدّين طوسى رحمه اللّه ، كه آن هم به پارسى تأليف شده است ، خليفه سلطان ، در تلخيص خويش عبارت‌هاى نامأنوس اخلاق ناصرى را به عبارت‌هاى مأنوس و متداول روزگار خويش تغيير داده است ، و آن كتاب را در سال 1051 هجرى به امر شاه صفى تلخيص نموده است ، و نسخه‌اى از آن نزد ما موجود مىباشد . و از آثار او حاشية على الحاشية الخفرى در الهيات شرح تجريد و ديگرى رساله انموذج العلوم و حاشيه مختلف علامه ، و حاشيهء شرح لمعه « 1 » ، و حاشيهء شرح معالم كه پيش از اين نام برده شد ، ليكن حاشيهء شرح لمعه تدوين نشده است و شيخ على نواده شهيد ثانى همگى ايرادهايى را كه خليفه سلطان ، بر

--> ( 1 ) - حاشيه شرح لمعه سلطان العلماء ، در بعضى از چاپ‌ها از قبيل چاپ عبد الرحيم ضميمه شده ، و اشتباها نام او را محمود حسينى نوشته است ، و آغاز آن ، از جمله كرمنا منتهى نهاية الارشاد است كه دومين خط از خطبه مرحوم شهيد ثانى قدّس سرّه است ، و حاشيه معالم او به ضميمه حاشيه مرحوم ملا صالح مازندرانى ، به طبع رسيده است ، در آغاز آن مىنويسد : فيقول العبد الغريق فى بحر العصيان المشرف بالانتساب الى ثانى سيدى شباب اهل الجنان الحسين المدعو بخليفة السلطان عفى اللّه عنه الرحيم و الرحمن ، و اين حاشيه تا آخر باب روايت و متعلقات آن است .