وله كتاب كاشف الحقائق في شرح رسالة درة المنطق لاستاده المذكور ، ألفه للشيخ محمد بن الشيخ تاج الدين الحاج خليفة في حياة المؤلف ، وهذا الشرح أول ما ألفه من الكتب على ما صرح به نفسه في آخر ذلك الشرح ، وفرغ من تأليفه في أواخر ذي الحجة سنة ثلاث وعشرين وثمانمائة ، وقد رأيت نسخة منه بخط الكفعمي صاحب المصباح المشهور في بلدة ساري من بلاد مازندران . وله أيضا جامع الدقائق في شرح رسالة غرة المنطق لذلك الأستاذ أيضا ، وقد صنفها الأستاذ بعد الرسالة الأولى ، وشرحها هذا الشيخ في حياة المؤلف أيضا بعد شرح الأولى ، وقد رأيت نسخة منه بخط الكفعمي أيضا في بلدة ساري وكان تاريخ خط الكفعمي نهار الأربعاء من العشر الأوسط من شهر ذي الحجة الحرام سنة سبع وخمسين وثمانمائة . وله أيضا كتاب القوانين ، صرح بذلك نفسه في آخر شرح الغرة المذكور ، والظاهر أنه في المنطق أيضا . وله أيضا كتاب التوضيح الأنور بالحجج الواردة لدفع شبه الأعور ، وهذا الكتاب في رد كتاب الشيخ يوسف بن المخزوم المنصوري الواسطي الأعور العامي بل الناصبي الملعون في رد الشيعة ، وقد عثرت على نسخة منه بأصبهان وكان تاريخ تأليفه بالحلة السيفية في سنة تسع وثلاثين وثمانمائة ، وهو كتاب حسن جيد كثير الفوائد ، وقد حاذى حذوه في رد كتاب ذلك الملعون أيضا في عصره الشيخ الجليل عزّ الدين حسن بن شمس الدين محمد بن علي المهلبي الحلبي بكتاب الأنوار البدرية في رد شبه القدرية الذي ألفه سنة أربعين وثمانمائة وهو أيضا كتاب لطيف نفيس الا أن الذي ألفه المولى خضر هذا أحسن وأتم وأفيد مما ألفه رحمهما اللّه تعالى . ثم من مؤلفات المولى خضر هذا أيضا كتاب حقائق العرفان في خلاصة