المنهج العلمي والشرعي للبحث في الإعجاز الرقمي يقوم أي بحث علمي قرآني علي ثلاثة عناصر وهي : معطيات البحث - طريقة معالجة هذه المعطيات - نتائج البحث . وحتى يكون البحث مقبولا ويطمئن القلب إليه يجب أن يوافق العلم والشرع ، أي يجب أن يحقق الضوابط التالية لكل عنصر من عناصره : 1 - معطيات البحث : يجب أن تأتي من القرآن نفسه ولا يجوز أبدا أن نقحم في كتاب اللّه عزّ وجلّ ما لا يرضاه اللّه تعالى . وفي هذا البحث نعتمد حروف وكلمات وآيات وسور المصحف الإمام ( برواية حفص عن عاصم والرسم العثماني ) . العثماني نسبة إلى عثمان بن عفان رضي اللّه عنه . مع التذكير بأن جميع قراءات القرآن فيها معجزة رقمية مذهلة ، أما الأعداد الواردة في هذا البحث فقد استخرجت من القرآن ولم يأتي أي رقم من خارج القرآن . لذلك يمكن القول أن معطيات هذا البحث ثابتة ثبات القرآن نفسه ، وهذه المعطيات هي عدد حروف وعدد كلمات وعدد آيات وعدد سور . هذه الأعداد يمكن لأي واحد أن يتأكد منها بسهولة وفي لحظات معدودة لذلك هي معطيات يقينية مرئية . 2 - طريقة معالجة المعطيات : يجب أن تكون مبنية علي أساس علمي ومن خلال الدراسة العلمية الطويلة والمركزة لآيات القرآن تبين أن طريقة صف الأرقام هي المناسبة لكشف البناء الرقمي في القرآن الكريم . وهذه الطريقة تحافظ علي تسلسل كلمات القرآن بينما طريقة جمع الأرقام لا تراعي ذلك ، وفكرة هذه الطريقة بسيطة للغاية فهي تقوم علي عد حروف كل كلمة من كلمات الآية وقراءة العدد الناتج كما هو دون جمعه أو طرحه أو ضربه ، وكمثال إذا طبقنا هذه الطريقة علي الرقم 7 سنجد أن جميع الأعداد الناتجة هي من مضاعفات الرقم 7 . 3 - نتائج البحث : أما نتائج البحث القرآني فيجب أن تمثل معجزة حقيقية لا مجال للمصادفة فيها .