نسخ الأصول المخطوطة : لم يجتمع تفسير الهداية للقرآن كله في مخطوطة واحدة بل تعددت ووصل عدد النسخ المعتمدة والمقابل عليها أكثر من عشرين مخطوطة مصدرها من بلاد المغرب : الرباط والحسنية ومكناس والقرويين ، وأكبر عدد اعتمد عليه في التحقيق خمس نسخ وأدناها نسختان ، وهذا توضيح للنسخ المعتمد عليها لأجزاء القرآن المختلفة من تفسير الهداية مع رموزها : الجزء الأول : سورة الفاتحة والبقرة ( خمس نسخ ) وهي : ( ع 1 ) نسخة الخزانة العامة في الرباط رقم ( ق 603 ) . ( ع 2 ) نسخة قسم الوثائق بالخزانة العامة في الرباط رقم ( ق 814 ) . ( ح ) نسخة الخزانة الحسنية الملكية في الرباط رقم ( 5375 ) . ( ق ) نسخة خزانة القرويين في المغرب رقم ( 1989 ) . ( ع 3 ) نسخة الخزانة العامة في الرباط رقم ( ق 217 ) . الجزء الثاني : سورة آل عمران والنساء ( خمس نسخ ) وهي : ( أ ) نسخة قسم الوثائق بالخزانة العامة في الرباط رقم ( ق 814 ) . ( ب ) نسخة الخزانة العامة في الرباط رقم ( 603 ) . ( ج ) نسخة الخزانة العامة في الرباط رقم ( ق 217 ) . ( د ) نسخة خزانة القرويين في المغرب رقم ( 19 - 89 ) . ( ه ) نسخة خزانة الجامع الكبير بمكناس رقم ( 388 ) . الجزء الثالث : سورة المائدة والأنعام ( أربع نسخ ) وهي : ( أ ) نسخة خزانة الجامع الكبير بمكناس رقم ( 388 ) .