دشوارىها بازسازى متون مفقوده ، دشوارىهاى خاص خود را دارد كه مىبايست پيش از شروع كار از آنها آگاهى داشت ودر جريان تحقيق وپژوهش به حل آنها پرداخت . 1 - يكى از اين دشوارىها ، پراكندگى نقلهاى صورت گرفته از يك اثر ، در متون مختلف است . فرآهم آوردن اين نقلها واطمينان يافتن به اين كه بخش عمدهء نقلهاى صورت گرفته ، فرآهم آمده ، كارى است كه تتبعي گسترده را مىطلبد . طبيعي است كه هيچ‌گاه نمىتوان به سادگى اين اطمينان را يافت كه كار به حد نهايى خود رسيده است . مهم آن است كه بتوان خط نقل از اين اثر را در متون نزديك به هم دريافت ودر آن حوزه به تتبع پرداخت . اين كار دربارهء برخى از متون راحت‌تر ودر بارهء برخى ديگر ، قدرى دشوار است . براي نمونه دربارهء كتاب طبقات الشيعة يا الحاوي يحيى بن حميد بن ظافر طائى معروف به ابن أبي طىّ حلبى ( 575 - 630 ) پس از تتبع وجستجو مىتوان دريافت كه اين اثر در اختيار ذهبي ( م 748 ) بوده ، در ادامه به دست ابن حجر ( م 852 ) افتاده ودر ميانهء عصر اين دو به احتمال در اختيار برخى ديگر از شرح‌حال‌نويسان مانند صفدى نيز بوده است . 2 - در بسيارى از أوقات ، مؤلف متن موجود ، در استفاده از متن مفقود ، از آن با نام‌هاى مختلف ياد مىكند . حتى در بسيارى از موارد ، در چند مورد نام كتاب ودر بقيه موارد تنها نام مؤلف را آورده واز ياد از نام كتاب ، خوددارى مىكند . اين روش ، به ويژه دربارهء آثاري صادق است كه نام دقيقى از آغاز نداشته است . براي نمونه مىتوان از نوع استفادهء ابن حجر از كتاب النسب هشام بن محمد كلبى ( م 204 ) در كتاب الإصابة في تمييز الصحابة اشاره كرد . در الإصابة ، شصت ودو مورد از كتاب كلبى نقل شده است . ابن حجر ، در سى مورد آن را الجمهرة ناميده ويك بار الانساب الكبرى