در آن زمان نجف روستايى بسيار كوچك ومحقر بود كه جمعى از شيعيان با شور وحال ، ساكن اين قريه كوچك بودند . شيخ دوازده سال آخر عمر بابركت خويش را در جوار امام علي عليه السّلام سپرى كرده وبه تدريس ، تحقيق وتأليفات خود ادامه داد . همين امر موجب رونق نجف ورفت‌آمد علما وفرهيختگان شيعه به اين منطقه شد وگروه زيادى از شاگردان شيخ وأهل فضل به منظور استفاده از محضر مبارك ايشان به نجف هجرت كرده وآن ديار به مركز علمي شيعه مبدل شد وحوزه علميه هزارساله شيعه توسط شيخ طوسي پديد آمد . بنابراين مسلم است كه مؤسس اين حوزه قديمى وپربركت كسى نيست جز « شيخ الطائفة محمّد بن حسن طوسي » أعلى اللّه مقامه الشريف . شيخ الطايفه در شب 22 محرم 460 ه ق ودر سن هفتاد وپنج سالگى از عالم ملك به ملكوت سير كرد وبراي هميشه در جوار حرم مطهر علي عليه السّلام آرام گرفت . بدن مطهر شيخ توسط سه تن از شاگردانش به نام‌هاى « حسن بن مهدي سليقى » « أبو الحسن محمّد بن عبد الواحد حسين زربى » و « شيخ أبو الحسن شوشترى » در همان شب غسل داده شد ولباس آخرت پوشيد . شيخ را در خانه مسكونىاش كه در سمت شمالي حرم مطهر امام العارفين عليه السّلام قرار داشت دفن كردند وخانه هم طبق وصيت شيخ تبديل به مسجد شد واكنون كه درب صحن حضرت به سمت مقبره شيخ باز مىشود به باب الطوسي معروف است . پس از شيخ طوسي فرزندش شيخ أبو على وبعد از أو نوهء شيخ در نجف اشرف عهده‌دار زعامت ومرجعيت عالم تشيع شدند واين سنگر تازه‌بناشده را حفظ كردند وبا عنايات خاصه حضرت بقيه اللّه الأعظم أرواحنا فداه حوزه علميه نجف تا به امروز به‌عنوان پايگاه بزرگ علمي تشيع به حيات طيبهء خود ادامه داده وفقيهان بزرگى را به عالم اسلام تحويل داده است كه اين همه از بركت هجرت آن عالم شكسته‌دل است . وسلام عليه يوم ولد ويوم مات ويوم يبعث حيا .