ملاكاً للتمايز أنْ تكون الأبواب والمسائل من كلّ علمٍ علوماً على حده ، كما ذكر صاحب ( الكفاية ) . لكنّ هذا إنّما يتم على مبنى المشهور في حقيقة موضوع كلّ علم . وأفاد في الدورة المتأخّرة - في مقام المناقشة مع مبنى صاحب ( الكفاية ) - أن هناك - بالضرورة - ارتباطاً بين الأغراض المختلفة والمسائل المختلفة ، وهذا الارتباط في العلوم الاعتبارية - كعلم النحو - اعتباري ، وفي العلوم غير الاعتبارية كعلم الطب ذاتي ، والذاتي إمّا هو من ارتباط الشيء بمقتضيه وإمّا من ارتباط الشيء بشرطه ، فالغرض الحاصل من العلم يحصل من ترتّب المحمولات على الموضوعات ، وهذا الترتّب إنما يكون لأجل الارتباط ، كما أنّ حصول الغرض لا يكون إلّا بارتباطٍ بينه وبين الموضوع . ومقتضى القاعدة أنْ يكون التمايز في الدرجة الأولى بما هو متقدّم على الغرض ، وهو المنشأ في تمايز الأغراض ، وهو المسائل . أقول : فيكون ما ذهب إليه أخيراً قولًا آخر في البحث ، وحاصله : أنّه إن كان للعلم موضوع - كعلم الطبيعي الذي موضوعه الجسم من حيث الحركة والسّكون - فالتمايز بينه وبين غيره يكون بموضوعه الجامع بين موضوعات مسائله ، وإن لا يكون له موضوع بسبب اختلاف مسائله اختلافاً لا جامع ذاتي بينها ينطبق على موضوعات مسائله ، فالتمايز يكون بالمسائل . ثم ذكر إشكال المحقق الخراساني في ( الكفاية ) بأنّه لو كان الامتياز بالمسائل لم يبق أيّ تداخل لعلم الأصول مع بعض العلوم في بعض المسائل ، مع وجود هذا التداخل بالضّرورة وكونها مشتركة بينه وبينها . . . فاضطرّ إلى إنكار الاشتراك قائلًا ما حاصله : بأنّ المسألة المطروحة في علم الأصول وغيره