الشيخ موسى كاشف الغطاء ثمّ تولاها من بعده ولده الأكبر الشيخ موسى المتوفى 1241 ه فكانت له المرجعية العامة للشيعة وكان الأمر مردداً بينه وبين الميرزا القمي رحمه الله وقد سأله الفضلاء عن الشيخ موسى عندما قصد الحج عن طريق النجف في سنة وفاة الشيخ جعفر رحمه الله فقال : لا علم لي به ولكن اكتب لكم ثلاث مسائل فإن أجابني نظرت في جوابه وميزت مقدار علمه ، فكتب المسائل وبعثها إلى الشيخ موسى وكان قبل الغروب وقال للفضلاء أمهلوه عشرة أيام فجاءوا بها للشيخ موسى وهو مشغول بالوضوء لصلاة الغروب فقال الشيخ موسى : إني مشغول بأمور مهمة وقد أقلقت فكري والوقت ضيق فقالوا له : انه يمهلك عشرة أيام فقال رحمه الله : قفوا فخذوا ما تيسر على العجلة ونادى أخاه الشيخ علي وأخذ هو يملي عليه والشيخ علي يكتب فما أتم وضوءه إلا وأتم الجواب عنها فجاءوا بها للقمي رحمه الله وهو بعد لم يقم من مقامه فتعجب غاية العجب وقال هذا لا يكون إلا للقادر القدير فأمهلوني أراجع جوابه وأعطيكم غداً رأيي فيه فلما بكروا عليه قال لهم : اسألوا الشيخ موسى عن اجتهادي فقد شككني علمه حفظه الله في أمري ولا أرى أن أقلد مع وجود مثله فعند ذلك قلده الجميع .