بنابراين وى دوران كودكى را در جبل عامل و دوران جوانى را در شهر قزوين گذرانيده است ، و ظاهرا هنگام سفر پدرش بهرات همراه وى نبوده است ، زيرا وى در آن زمان جوان بوده و در قزوين بكسب علوم اشتغال داشته و پدرش نمىبايست او را بهرات برده باشد . ليكن چنان كه قبلا گفتيم در سفر حج با پدر همراه بوده است و پس از مرگ پدر ، در سن سى و يك سالگى با مادرش بايران بازگشته است ، و پس از بازگشت بايران گويا دوباره بقزوين رفته باشد زيرا اين شهر تا سال 1006 هجرى قمرى پايتخت صفويه و مركز تجمع علماء شيعه بوده است . بهائى بعدها بمسافرتهاى ديگرى نيز پرداخته است و گويا چندى هم در مشهد بتحصيلات خود ادامه داده است و نيز مدتى در هرات بجاى پدر مقام شيخ الاسلامى داشته ، و آنچه مسلم است هنگاميكه پدر او در هرات بوده وى در قزوين اقامت داشته و بقول استاد نفيسى احتمال ميرود كه لااقل از سال 969 هجرى قمرى يعنى از سن شانزده سالگى تا سال 979 هجرى قمرى در سن بيست و شش سالگى ، مدت ده سال پياپى در قزوين براى دانش اندوختن مانده باشد . در اين صورت تحصيلات اوليه‌ى شيخ در شهر قزوين كه در آنوقت يكى از مراكز مهم مذهب تشيع و محل درس و بحث و دانش‌آموزى بوده انجام گرفته است و وى از كودكى با شوق و كوشش بسيار در پى دانش آموزى و كسب كمال بوده است بطوريكه در اوان كودكى از كتب معتبر زمان خود نسخه بردارى ميكرده است بنابر قول كليه‌ى كسانى كه در احوال شيخ سخن گفته‌اند ، وى ابتدا نزد پدر خود تحصيل علم كرده و سپس از محضر استادان ديگر كسب دانش نموده است . بقول صاحب تاريخ عالم آراى عباسى وى تفسير و حديث و عربيت