ودفن الإمام جعفر في مقبرة البقيع بالمدينة إلى جانب أبيه وجده ، وعلى قبورهم منذ قرون رخامة عليها مكتوب : « بسم اللّه الرحمن الرحيم . الحمد للّه مبيد الأمم ومحيى الرمم . هذا قبر فاطمة بنت رسول اللّه صلّى اللّه عليه وسلّم سيدة نساء العالمين . وقبر الحسن ابن علي بن أبي طالب ، وعلي بن الحسين بن علي بن أبي طالب ، ومحمد بن علي ، وجعفر بن محمد ، رضى اللّه عنهم » .