حكم داد و آقا محمد مهدى كلباسى بر كفر و وجوب قتل او . مع‌هذا معتمد الدوله نه تنها او را در خانهء خود پنهان كرد بلكه زنى هم براى او گرفت ( فتنهء باب ، ص 221 ) ( دختر ملا رجبعلى قهير و اين زن عمر درازى كرد و در اواخر در طهران در خانهء دكتر سعيد كردستانى بود . آيتى او را ديده و با او از باب صحبت كرده بود ) . چون منوچهر خان در همان ايام مرد ( ربيع الاول 1263 ) در اطراف باب و نگهدارى او در اصفهان سروصدا بلند شد و حاج ميرزا آقاسى كه از اغتشاشات قبلى اصفهان و قدرت حاج سيد محمد باقر حجة الاسلام و مخالفت او با دولت ترسيده شده بود دستور داد كه سيد را به طهران بفرستند . در نزديكى طهران حاجى دستور داد كه سيد را به ماكو ببرند و اجازه نداد كه به طهران وارد شود . در ماكو چون مريدان باب با او مراوده داشتند به دستور دولت سيد را به قلعهء چهريق بردند ( جمادى الثانيهء 1264 ) . چون ناصر الدين ميرزا به وليعهدى به تبريز رفت براى مناظره و محاكمهء باب مجلسى فراهم آورد . طرف ميرزا على محمد چند تن از علماى تبريز بودند كه يكى دو تن از آنها شيخيه بودند و مخالف ميرزا على محمد . در آن جلسه وقتى سيد معجزهء خود را تندنويسى اظهار كرد نظام العلماء كه معلم وليعهد و طرف صحبت با باب بود گفت من هم در كربلا محررى داشتم كه اينطور بود و بالاخره كور شد . در آخر جلسه وليعهد دستور داد كه باب را به چوب بستند و خود بعدا در زمان سلطنت جريان را براى اعتماد السلطنه و ملازمان حضور تعريف كرده بود . به‌هرحال سيد را دوباره به قلعهء چهريق بردند . در اين وقت از پيروان باب دو برادر يزدى نزد او بودند : يكى سيد حسين و ديگرى سيد حسن . سيد حسين كاتب باب بود و در مدت اقامت در قلعه باب كتاب بيان را به فارسى و عربى نوشت تا پيغمبر بىكتاب نباشد . جريان دعوت باب منجر به سروصداها و اغتشاشاتى شد كه به ظن قوى از طرف خارجيان هم به آتش آن دامن زده مىشد و اين اغتشاشات از يك‌طرف ، فتنهء سالار و اغتشاشات ديگر ولايات مزيد بر علت شد . ميرزا تقى خان امير كبير كه به صدارت رسيد چون مردى جدى بود ، به دفع اين اغتشاشات كمر بست و من جمله دستور داد كه مجددا باب را محاكمه كنند و اگر باز بر سر حرف و ادعا و اغتشاش‌طلبى خود باقى است او را مجازات كنند . حمزه ميرزاى حشمت الدوله از علماى تبريز راجع به باب استفتاء كرد . ملا محمد ممقانى رئيس علماى شيخيه حكم به قتل او داد . ميرزا باقر امام جمعه نيز چنين كرد . پس حمزه ميرزا ميرزا عليمحمد باب و ملا محمد على زنوزى مريد وفادار او را در ميدان صاحب الزمان به پاى تير آورد و فوج مسيحى بهادران مأمور اعدام آن دو شدند . گلوله‌اى كه به باب خورد خطا كرد و ريسمانى را كه وى را بدان بسته بودند گسيخت . باب آزاد شد و فورا خود را به اطاق سربازى رسانيد . او را گرفتند و به دار آويختند . در تاريخ قتل او يك سال اختلاف است . مورخين 27 شعبان 1265 ( دوشنبه )