تمام باردوى ارغون شتافت و در روز جمعهء دهم رجب 683 به خدمت رسيد و در سراى امير بوقا منزل گرفت . بوقا خواجه را به خدمت ارغون خان برد و ايلخان او را مورد نوازش قرار داد و به او وعده كرد كه كماكان شغل صاحب‌ديوانى را بر او مقرر دارد تا خواجه بهمدستى بوقا به تمشيت امور ممالك ايلخانى قيام نمايد و به خدمت سابق ادامه دهد . امير بوقا كه در حقيقت جان و سلطنت ارغون خان مرهون او بود در اين دوره قدرت فوق‌العاده پيدا كرد و او كه بعدها از طرف قوبيلاى بلقب چينگ سانگ يعنى امير بزرگ و وزير ملقب گرديد به دستيارى نايب خود خواجه فخر الدّين محمّد مستوفى قزوينى پسر عم مورخ مشهور حمد اللّه مستوفى به ادارهء امور ممالك ايلخانى پرداخت و خواجه شمس الدين كه آفتاب اقبال خود را رو بزوال مىديد حاضر شد در دستگاه امير بوقا زيردست او بماند و تمام سعى او اين بود كه با انواع ملاطفات و تقديم پيشكشها باب حسد امير بوقا و دشمنان ديگر را مسدود دارد و باقى عمر را بىخطر بگذراند ولى امير بوقا و بدخواهان ديگر كه شوكت سى سالهء خود را ديده و بر قدرت و كفايت و كثرت ياران و اعوان او اطلاع داشتند وجود او را مانع استقلال خود مىپنداشتند مخصوصا چند نفر از عمال ديوانى مثل خواجه فخر الدين مستوفى و على تمغاجى و حسام الدين حاجب ، بوقا را بر آن داشتند كه بيكبارگى دست خواجه را از كارها كوتاه كند بلكه اگر موفق آيد پيوند عمر او و خاندان جوينى را از هم بگسلد . امير بوقا با وجود سابقهء دوستى كه با خواجه داشت بامير ارغون گفت كه از كسى كه نسبت به پدر ايلخان خيانت ورزيده و او را مسموم كرده است چگونه اميد خدمت و صداقت مىتوان داشت و افتراءات ديگرى نيز به خواجه زد تا ارغون امر داد كه يرغوچيان به محاكمهء خواجه بنشينند . خواجه را دست‌بسته بمحكمه بردند و هنگامه‌جويانى كه بتحريك دشمنان قيام كرده بودند بر خواجه تهمتها بستند . خواجه گفت كه جمله تقصيراتى كه مفتريان بر من بسته‌اند يكى را صد اعتراف مىكنم ولى از تهمت قصد ولىنعمت خود خبر ندارم عاقبت قرار شد كه خواجه جان خود را به دادن فديه بخرد ، آن بيچاره مهلت خواست و با فروش املاك خود و گرفتن قرض از اصحاب و اقوام و دوستان خويش قريب چهل تومان ( 000 ، 400 ) زر جمع آورد و گفت مرا تهيهء بيش از اين مقدور نيست