طبرى مورد بغض حنبليان و سنيان بود كه وى را بعقايدى كه بزرگان سلف درباره آن محتاط بودند ، متهم كردند و نيز گفتند بعضى نظريات وى با معتزليان هم‌آهنگ است و اين عجيب بود كه طبرى عقايد قدريانرا كه گروهى معتزلى بودند و انسانرا در همه كار مختار مطلق ميشمردند به سختى رد ميكرد و نيز با متكلمان در مسائل بسيار از جمله " رؤيت خدا " مجادله داشت و نيز با تفسير تنزيهى معتزليان كه ميگفتند خدا از همه صفات منسوب به انسان مبراست مخالف بود و روايت‌هاى محدثين سلف چون بخارى و قشيرى و سجستانى را مؤيد گفتار خود ميكرد با وجود اين وى را به الحاد متهم داشتند و چون بمرد مانع دفن وى شدند و ناچار شبانه بخاكش سپردند . ابن اثير گويد : " طبرى كتابى داشت كه اختلاف فقها را در آن آورده بود و نظير آن نبود اما نام احمد بن حنبل را نياورده بود و چون به او گفتند گفت او فقيه نبود بلكه محدث بود و اين بر حنبليان كه در بغداد فراوان بودند گران آمد و هرچه خواستند گفتند و - بگفتهء شاعر - بر او حسد بردند كه هماوردش نبودند و بناچار دشمنش شدند ، چون هووهاى زن زيبا كه از دشمنى گويند زشت است . " طبرى از علوم متداول زمان چندان داشت كه همتا نداشت ، حافظ قرآن بود ، قرائت‌هاى آن را ميدانست . معانى را نيك ميشناخت ، در احكام قرآن فقيه بود حديث و روايت درست و نادرست و ناسخ و منسوخ را ميدانست گفتار اصحاب و تابعان و متأخرانرا در احكام و حلال و حرام محفوظ داشت و از حوادث ايام و اخبار كسان آگاه بود ، كتاب مشهور تاريخ الامم و الملوك از اوست و كتاب تفسير او نظير ندارد در اصول و فروع فقه و گفتار فقيهان كتاب بسيار نوشت و نكته‌ها داشت كه از او محفوظ است . ابن خزيمه وقتى تفسير او را ديده بود گفته بود در همه جهان كسى از ابو جعفر دانشورتر نبود و حنبليان با او ستم كردند . ابو محمد عبد الله فرغانى چون تأليفات وى را بديد گفت ابو جعفر در كار خدا از ملامت كسان باك نداشت و در علم خويش با همه آزار و شناعت كه ديد از راه