و بنابراين تنها جزئى از مرزهاى آلتى شهر را تشكيل مىداد : بدين ترتيب آنان به عبارت صحيح‌تر ، مرزداران « خانات شرقى » يا اويغورستان بوده و در حقيقت بخش اعظمى از مكان‌هايى را كه در حال حاضر مورد توجه است در اختيار داشته‌اند . در اين ناحيه نيز مانند مغولستان نه شهرى وجود داشت و نه نواحى قابل كشت : مردم ، چادرنشين و گله‌دار بودند و بدون ترديد در آن زمان مذهب آنها مانند امروز ، مذهب بودايى بوده است . در دورهء خانان مغول ، نقش آنها در تاريخ اين سرزمين ، ظاهرا بسيار جزئى بوده و نفوذ اندكى بر جريان امور اعمال مىكرده‌اند . هر چند كه بعد از ناپديد شدن مغول‌ها و با آغاز قرن هجدهم ، به عنوان قدرتى بسيار قابل توجه ظاهر مىگردند و نسبت به تبتىهاى لهاسا ، وارد دسيسه‌ها و جنگهايى مىشوند كه در نتيجه آن سرزمين خود آنها به انضمام تركستان شرقى و ناحيه ايلى به تصرف چين درمىآيد . در آلتى شهر مغول‌هاى زيادى نمىتوانسته وجود داشته باشد ، زيرا به جز چند دره در ميان دامنه‌هاى غربى تيان‌شان ، اين سرزمين به هيچ وجه براى شيوه زندگانى آنها مناسب نبوده است . احتمالا هنگامى كه سلطان سعيد در 1514 كاشغر را تسخير كرد ، بخش مهمى از آنان به او پيوستند ، اما در آن تاريخ تعداد آنها ، حتى در مغولستان نسبت به سابق بسيار كاهش يافته بود . بنابراين هنگامى كه وى پس از چند سال ( 6 - 1525 ) بقاياى آنها را از سرزمين خودشان به ارتفاعات نزديك كاشغر منتقل ساخت تا از خصومت آنان با قرقيزها جلوگيرى كند ، ايشان به صورت عضو بسيار كوچكى از بخشى از جمعيت آلتى شهر محسوب گشتند . اولوس‌هاى مغول در اين هنگام صرفا به صورت گروه‌هاى پناهنده درآمده بودند و هرچند كه پس از آن خانان ايشان براى مدتى كوتاه در فواصل نامنظم ، از بيرون كاشغر دست به حملاتى زدند و موفقيت‌هايى نيز در مقابل قرقيزها كست كردند اما شايد بتواند گفت كه نيمه قرن شانزدهم ، تقريبا شاهد خاموشى آنان به عنوان يك ملت بود .