و نه فقط عراق عجم ، فارس و كرمان را اشغال كرد ، بلكه يادگار محمد را كه قاتل ابو سعيد بود ، يگانه وارث قانونى خود اعلام كرد و او را همراه سپاهيان تيمورى كه در آن زمان همراهش بودند به خراسان فرستاد . پيروزى حسين بايقرا برادر او در چناران در 8 ربيع الاول 874 / 15 سپتامبر 1469 چندان قاطع نبود ، چون اوزون حسن بىدرنگ نيروهاى كمكى به يارى تحت‌الحمايه خويش گسيل داشت . آشكارا معلوم بود كه هدف او از اين كار گسترش نفوذش و نه سلطه‌اش بر خراسان است ، از اين‌رو از حسين بايقرا درخواست كرد ( بعد معلوم شد اين كار وى بيهوده بوده است ) كه شمارى از اميران قراقويونلو را كه در زمان تصرف كرمان به هرات گريخته‌اند ، بازپس دهد . هنگامى كه فرزندان اوزون حسن ، زينال و خليل به كمك يادگار محمد شتافتند ، حسين بايقرا خويشتن را در وضع بحرانى احساس كرد . از اين رو شمارى از سپاهيان او به دشمن پيوستند و او بناچار هرات را ترك گفت و رقيب او در 9 محرم 875 / 8 ژوئيه 1470 وارد آنجا شد . يادگار محمد در واقع نتوانست به سپاهيان او بخصوص به سپاهيان كمكى آق قويونلوها اتكا كند ؛ تا آنجا كه حسين بايقرا نيروهاى تازه‌نفس را گرد آورد و سه فرزند ابو سعيد هم در يك زد و خورد پيروزمندانه به دو پيوستند و پايتخت خود را پس از شش هفته باز پس گرفت . يادگار محمد كه به دست حسين بايقرا افتاده بود ، كشته شد و همراه او آخرين بازماندگان شاهرخ صحنه سياسى را ترك گفتند . از آنجا كه بازماندگان جهانگير پس از مرگ تيمور بيش از چند سال در صحنه سياسى فعال نبودند ، لذا در اين ايام فعاليت وارثان تيمور به بازماندگان دو فرزند او يعنى ميرانشاه و عمر شيخ منحصر گرديد - يعنى بايد گفت به ترتيب بازماندگان ابو سعيد در ماوراءالنهر كه از ميان آنان بابر آينده درخشانى داشت و حسين بايقرا و خاندان او در خراسان . با مرگ يادگار محمد ، نقشه‌هاى اوزون حسن هم در خراسان نقش بر آب شد . بعدها هم از سوى او تلاش مضاعفى براى گسترش قدرت منطقه‌اش در شرق ايران نشد و حسين بايقرا هم از پيشروى به سمت همسايه غربىاش خوددارى ورزيد . مرزهاى او با امپراتورى آق قويونلوها دربرگيرنده سواحل درياى مازندران ، خط غربى استرآباد بود كه در سمت جنوبى كشيده مىشد و سپس به موازات حاشيه دشت لوت سرانجام به درياچه هامون مىرسيد . هردو طرف راضى به روابط خوب همسايگى شدند و اين روابط جز در وقايع مرزى گاهگاهى ، مخدوش نشد . چنين مىنمايد كه حسين بايقرا هرچند پيش از نشستن برتخت با جسارت و جرأت خويش آوازه‌اى براى خود دست و پا كرده بود ؛ ولى از اين زمان به بعد ديگر اشتياقى براى لشكركشيهاى نظامى از خود نشان نداد . از اين رو مرز سيحون را مرز امپراتورى خود قرار داد و بدان پايبند شد ؛ گو اينكه درگيريها و منازعات پياپى بنى اعمام همه اينها از زمان او در آن سوى سيحون و نيز ضعف