وسبب له الما كبيرا بقتله لأحد أكبر رجاله العلامة أبو الفضل وقد كانت بين سليم وبينه جفوة بسبب نصيحته إياه بالانقياد المطلق إلى طاعة أبيه ، فأشار إلى أحد اتباعه المسمى ( راجا رام ) والي « بندهيل كند » أن يقتله ، فقتله سنة ( 1011 ه - 1602 م ) فغضب أكبر وحزن حزنا صادقا وانتقم من القاتل شرّ انتقام ، وفي أثناء الحملة على الدكن توفي ولده ( مراد ) وفي سنة 1013 ه - 1604 م ) وتوفي ( دانيال ) في الدكن أيضا ، فاغتمّ كثيرا ، فتسلم ( سليم ) الملك ولم يكن يخلو الأمر من المتاعب فقد رأى رجال البلاط ان يبعدوه عن العرش وان يولّوا ابنه خسرو لكن الأمور لم تتفق لولده خسرو ومن معه من رجال البلاط بل انتهت إلى فراره سنة 1606 م ، فأرسل سليم وراءه أثناء عشر الف رجل ولا قوه في لاهور فاقتتلوا ففرّ خسرو من المعركة ولكن ألقي عليه القبض وأتي به إلى اكره فسجن فيها ، وبقي في سجنه إلى أن مات سنة 1621 م ، وبذلك استتبت الأمور للإمبراطور سليم جهان كير . من أعلام الشيعة في عهد الإمبراطور أكبر : الأمير علي قلي خان الشيباني الأزبكي ت 974 ه أمير الأمراء بيرم خان خانان التركماني ت 985 ه أمير الأمراء عبد الرحيم خان خانان التركماني ( 964 - وت بعد 1000 ه ) الأمير منعم خان التركماني ت 983 ه الأميرة خانان بيكم بنت عبد الرحيم خان خانان ت 1070 ه من العلماء الذين رعاهم أمير الأمراء عبد الرحيم خان خانان : كاظم بن عبد علي الكيلاني ت بعد 1015 ه تقي الدين التستري ت 1020 ه محمد رضا الاصفهاني ت 1023 ه محمد علي الكشميري ت 1025 ه عبد الباقي النهاوندي ( 978 - 1046 ه ) ومن العلماء في عصر أكبر :