از ديگر مشكلات امام ، وسعت و گستردگى سرزمين و حكمرانى فرماندهان نظامى و سپاهيان آنان بر سرزمين‌هاى فتح شده و اصرار بر گسترش قلمرو و سرزمين‌هاى همجواز بود كه حضرت با توقف جنگ‌ها و فراخوان بخشى از اين سپاهيان به نواحى مركزى ، براى ايجاد اطمينان خاطر در ميان اقوام نومسلمان و مردمان سرزمين‌هاى فتح شده ، با شجاعتِ ستودنى مركز حكومت را به عراق منتقل كرد كه علاوه بر فراهم كردن زمينه‌هاى تسهيل در ارتباطات و نظارت بر همه نواحى ، تلاش نمود حكومت را از برترى نژادى و عربى برهاند . تلاش بىوقفه حضرت در توسعه عمران و آبادى و رسيدگى به وضع فقرا و تأكيد و مراقبت جدّى بر اجراى عدالت در توزيع بيت‌المال و درآمدهاى عمومى و مبارزه با اسراف و هزينه‌هاى بيهوده توسط حاكمان محلى و واليان ، به ايجاد برابرى اجتماعى و برخوردارى عمومى در جامعه كمك كرد . در كنار آن ، عدم اهتمام به انتشار معارف و آگاهىهاى دينى در جوامع تازه فتح شده و نسل‌هاى نو در دوره‌هاى پيشين ، با جدّيت تمام به تبيين و انتشار آموزه‌هاى دينى بايد مىپرداخت . بنابراين مىتوان گفت عمده‌ترين مشكلات حضرت در قدرت ، مقابله با تبعيض ، نابسامانىهاى اقتصادى ، سياسى و دينى بود كه حضرت با انبوه از مشكلات مواجه گرديد و براى هر يك تدبير و انديشه خاص به كار بست . آن حضرت با مسائل بزرگ ديگرى روبه‌رو گرديد كه هيچ‌يك از اسلافش با آنها مواجه نبودند . مروان بن حكم منشى عثمان ، همراه با اعضاى طايفه بنىاميه به شام فرار كرد تا به معاويه ملحق شود . آنها پيراهن خون‌آلود عثمان و انگشتان نائله بيوه او را به‌منظور استفاده تبليغاتى همراه بردند . از آن پس فرياد انتقام‌گيرى و مبارزه تبليغاتى مداوم عليه امام عليه السلام برخاست . در چنين وضعيتى ، حكومت براى كسى كه در استوارى و سخت‌گيرى براى حفظ اصول سرآمد بود ، سخت دردناك و نفس‌گير بود ؛ چرا كه نه مىتوانست راه سازش‌كارى و مزوّرانه پيشه‌كند و نه از حقوق مردم درگذرد . ديرى نپاييد كه مسلّم شد براى حل بحران ، روش‌هاى مسالمت‌آميز شكست خورده است . از اين‌سو ، عايشه نيز وقتى از انتخاب على عليه السلام آگاه شد ، به مكه بازگشت . چندى بعد طلحه و زبير بر آن شدند تا از على عليه السلام جدا شوند ، از اين‌رو از حضرت اجازه خواستند تا اعمال عمره را برگزار كنند . امام عليه السلام گرچه از نقشه‌هاى آنان آگاه بود ، تقاضاى آنان را برآورد . اين دو به عايشه در مكه ملحق شدند و آنگاه اعلام داشتند كه به اكراه و اجبار با على عليه السلام سوگند بيعت خورده‌اند و پيش‌تر به آن