منهج التحقيق كان عملي في المخطوط الذي بين أيدينا على الوجه التالي : 1 - التقديم للكتاب ، بالتعريف بالمصنّف والمخطوطة وصحة نسبتها ، وبيان منهج المؤلف في الكتاب ، وبيان منهج المحقّق . 2 - ضبط النص وتحريره . 3 - الإشارة إلى ما سقط سهوا عن المؤلف من مواضع المتشابهات . 4 - التنبيه على ما وضع في غير بابه . 5 - توضيح بعض المصطلحات التي استخدمها الكتاب ، مثل : « فرد » ، « حرف » ، « الرفع » ، « الفتح » ، « الكسر » . . . إلخ . 6 - تحديد بداية صفحات المخطوط . 7 - التعليق على الإشارات التي تبدو غامضة ، بما يوضح معناها . 8 - وضع أرقام الآيات التي وردت بجانبها ، وعدم وضعها في الهامش ، وذلك لسببين ؛ هما : الأول : عدم تشتيت القارئ بين الهامش والمتن . الثاني : الإشارة إلى أرقام الآيات بالهامش سيعمل على تضخيم الكتاب دونما فائدة . 9 - وضع أسماء السور كما وردت بالمصحف بين معقوفتين بجانب اسم السورة الذي اختاره المصنف .